St. Aegidien, die dritte und jüngste gotische Kirche von Heilbad Heiligenstadt, wurde 1227 gegründet, als der Ort zur Stadt erhoben wurde. Nach dem Stadtbrand von 1333 wurde die dreischiffige Kirche bis 1370 aus einheimischem rotem Sandstein wiederaufgebaut. Die Kirche misst 52 Meter in der Länge und 18 Meter in der Breite, wobei nur der südliche Polarturm 1852 vollendet wurde.
Äußerlich schlicht, beeindruckt die Kirche durch den Chorbereich, dessen dreiteiliges Mittelfenster mit Maßwerk und das Blumenkreuz als Giebelabschluss als besonders schön gelten. Eine unidentifizierte Figur im Bischofsornat, vermutlich Erzbischof Siegfried II., ziert eine Skulpturnische.
Das figurenreiche Westportal (um 1370) zeigt Maria mit dem Kind, die Heiligen Drei Könige, den heiligen Veit, die heilige Katharina und den Kirchenpatron Aegidius. Über dem Südportal ist eine Ölbergszene dargestellt, während das Nordportal schlicht gehalten ist.
Im Inneren der Kirche befinden sich zahlreiche wertvolle Kunstwerke, darunter der Hochaltar aus der ehemaligen Stiftskirche von Quedlinburg (1689–1691), ein spätgotisches Kruzifix (um 1500) und ein Schrein mit den Reliquien der Stadtpatrone im Zelebrationsaltar.
Weitere Kunstwerke umfassen die Grabpalette des Bischof Aureus und Diakon Justinus, den St. Annenaltar (um 1500), eine Madonna auf der Mondsichel (Ende 17. Jh.), den Vierzehnnothelferaltar (1638), ein Bronze-Taufbecken von Hans Rese (1507), eine barocke Kanzel (um 1740) und eine spätgotische Pieta am südlichen Eingang. Elf Prozessionsstangen der Heiligenstädter Zünfte schmücken die westliche Wand.
Die Maria-Hilf-Kapelle, 1861 anstelle einer Holzkapelle von 1494 errichtet, zeigt eine spätgotische Madonna mit Kind (um 1450).
